Von der Witwe des Bremer Domorganisten Scheel erwarb die Gemeinde 1692 als ihr erstes Instrument ein Positiv von sechs Stimmen. Es wurde 1706 durch Arp Schnitger repariert und 1721 verkauft, als dessen Schüler Christian Vater (Hannover) 1719/21 eine Orgel mit 20 Registern gebaut hatte. Dieses Werk erlitt 1797 durch einen Pfuscher und 1835 durch einen Brand so schweren Schaden, dass man sich zu einem Neubau mit klassizistischem Prospekt entschloss.

Orgelbauer Schmidt I (Oldenburg) führte 1836 diese Arbeit mit gleichfalls 20 Registern aus.

Alfred Führer (Willhelmshaven) beseitigte 1954/55 spätere Veränderungen und stellte die ursprüngliche Disposition wieder her. Im Gefolge der Kirchenrenovierungen 1969 und 1993 wurde das Werk gründlich überholt. Die Elsflether Orgel gilt als gut erhaltenes und wohlklingendes Instrument aus der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts.

(zitiert aus: Wolfgang Runge: Die St.-Nikolai-Kirche in Elsfleth)